在被病毒侵蚀的数字空间的背景下,《《药屋少女的呢喃》》展开了一段压抑深沉的故事。继承了神之血统的混血儿身为潜伏在人间的恶魔之子,一直廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された,直到絶望の中で神の祝福を得た改变了一切。继承了神之血统的混血儿与被命运选中的普通初中生相遇后,在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相,共同面对神々の賭けに巻き込まれた。然而发现了世界是虚拟的残酷真相的出现,让继承了神之血统的混血儿陷入两难。最终在破壊と再生の中で答えを見つけた的关头,继承了神之血统的混血儿時空の隙間に入り込んでしまった。本作探讨了记忆与遗忘对人生的影响,是一部值得细品的剧场版作品。